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    我的siRNA怎么了?

    發(fā)布時間: 2021-12-01  點擊次數(shù): 1840次

    這一期,我們來說一下siRNA轉(zhuǎn)染和干擾效果不佳的問題。


    要保證RNA干擾的效果就必須保證siRNA能夠成功的轉(zhuǎn)染到細(xì)胞中去,那有時候會轉(zhuǎn)染不進(jìn)去,原因可能有如下幾點:


    1、轉(zhuǎn)染方法:轉(zhuǎn)染siRNA濃度太低。FAM驗證轉(zhuǎn)染效率時siRNA(FAM)的量的終濃度是50-150nM都可以,需要根據(jù)細(xì)胞進(jìn)行摸索。lipo-2000的量和使用的siRNA量成比例的,一般用1:1的效果好一些。

    建議用24孔板摸索條件。siRNA 所加的量及其濃度可以根據(jù)實驗自己調(diào)整,按照要求配成20uM的濃度,那1ul就是20pmol,在1ml細(xì)胞培養(yǎng)液中加1ul,那終濃度就是20nM,加2ul就是40nM,以此類推。24孔板摸濃度后,用6孔板時把轉(zhuǎn)染體系相應(yīng)放大即可。

    實驗中需要注意細(xì)胞狀態(tài)要好,代數(shù)不要大,細(xì)胞密度適中,50%左右(根據(jù)的細(xì)胞生長情況調(diào)節(jié)),鋪板時要鋪均勻,添加轉(zhuǎn)染復(fù)合物時要小心滴加。轉(zhuǎn)染時建議不要使用雙抗和血清,雙抗轉(zhuǎn)染時對細(xì)胞有毒性,會導(dǎo)致細(xì)胞狀態(tài)不好,血清會降低轉(zhuǎn)染效率。


    2、轉(zhuǎn)染試劑:轉(zhuǎn)染實驗前應(yīng)根據(jù)實驗要求和細(xì)胞特性選擇適合的轉(zhuǎn)染試劑。每種轉(zhuǎn)染試劑都會提供一些已經(jīng)成功轉(zhuǎn)染的細(xì)胞株列表和文獻(xiàn),通過這些資料可選擇較為適合實驗設(shè)計的轉(zhuǎn)染試劑??赡芗?xì)胞對LIP2000不是太敏感,如果是這樣,建議更換其他的轉(zhuǎn)染試劑


    3、細(xì)胞原因:

    a、和細(xì)胞狀態(tài)、細(xì)胞代數(shù)、細(xì)胞密度等有關(guān),一般低的細(xì)胞代數(shù)(<50)能確?;蛐筒蛔?。較為適合轉(zhuǎn)染的細(xì)胞是經(jīng)過幾次傳代后達(dá)到指數(shù)生長期的細(xì)胞,細(xì)胞生長旺盛,最容易轉(zhuǎn)染。細(xì)胞培養(yǎng)在實驗室中保存數(shù)月和數(shù)年后會經(jīng)歷突變,總?cè)旧w重組或基因調(diào)控變化等而演化。這會導(dǎo)致和轉(zhuǎn)染相關(guān)的細(xì)胞行為的變化。也就是說同一種系的細(xì)胞株,在各實驗室不同培養(yǎng)條件下,其生物學(xué)性狀發(fā)生不同程度的改變,導(dǎo)致其轉(zhuǎn)染特性也發(fā)生變化。因此,如果發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)染效率降低,可以試著轉(zhuǎn)染新鮮培養(yǎng)的細(xì)胞以恢復(fù)最佳結(jié)果


    b、有的細(xì)胞不太好轉(zhuǎn)染,比如懸浮、干細(xì)胞、原代等,可查找相關(guān)文獻(xiàn),看別人做這種細(xì)胞時用的什么方式。如果細(xì)胞不好轉(zhuǎn),就要考慮換一種方式進(jìn)行您的實驗了,比如說用病毒、電轉(zhuǎn)等。



    轉(zhuǎn)染前列腺癌細(xì)胞后拍的圖片,轉(zhuǎn)染進(jìn)去的整個細(xì)胞是綠色的,可以清晰的看到細(xì)胞形態(tài),沒有轉(zhuǎn)染進(jìn)去的就是綠色的小點兒。

    如果通過上邊的問題驗證到siRNA的確是可以轉(zhuǎn)染進(jìn)細(xì)胞,但干擾效果又不理想的話那么可能的原因來了:


    1、轉(zhuǎn)染效率問題,如果少量siRNA進(jìn)入細(xì)胞,作用于基因后,有時候細(xì)胞會有補償機制,表達(dá)量反而升高。建議在實驗前,先檢測一下轉(zhuǎn)染效率,觀察一下,轉(zhuǎn)染進(jìn)去的整個細(xì)胞是綠的,沒有轉(zhuǎn)染進(jìn)去的是一些綠色的小點粘附在細(xì)胞上,發(fā)的光是點狀的。轉(zhuǎn)染進(jìn)去的整個細(xì)胞是綠色的,可以清晰的看到細(xì)胞形態(tài),沒有轉(zhuǎn)染進(jìn)去的就是綠色的小點兒,建議多做幾個轉(zhuǎn)染梯度,找到最佳轉(zhuǎn)染條件。

     

    2、檢測時間點,建議轉(zhuǎn)染后24-48小時檢測基因水平變化,48-72小時檢測蛋白水平變化。不同基因的半衰期是不同的,siRNA干擾是拋物線形的,多做幾個時間點有利于siRNA干擾效果的測定

     

    3、推薦RT-PCR的引物應(yīng)該設(shè)計在target位置的兩側(cè),而不是同側(cè)。目前已經(jīng)知道的siRNA介導(dǎo)的基因knockdown機制是RSIC先介導(dǎo)靶mRNA的切割,切割導(dǎo)致靶mRNA的降解,由于切割和降解可能具有不同的時間點,因此,設(shè)計于同側(cè)的PCR引物可能導(dǎo)致假陰性結(jié)果或knockdown效率的低估。

     

    4、RNA降解,建議-20保存,溶解后要最小量分裝,-20最好-80保存,3個月內(nèi)用完,避免反復(fù)凍融或者4度保存。干粉保存最長不要超過6個月

     

    4、基因問題。有的基因受細(xì)胞調(diào)控比較嚴(yán)格,mRNA能敲除,但是蛋白水平敲除不下來的,如果這樣,建議換一種細(xì)胞看看

     

    5、干擾靶點不合適。需重新設(shè)計siRNA。


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