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    尋找轉(zhuǎn)錄因子與基因啟動(dòng)子的結(jié)合點(diǎn)

    發(fā)布時(shí)間: 2021-09-02  點(diǎn)擊次數(shù): 3444次

    經(jīng)過(guò) EMSA、 DNase1 足跡實(shí)驗(yàn)、甲基化干擾實(shí)驗(yàn)、體內(nèi)足跡實(shí)驗(yàn)、 Chip-on-chip 等方式,終于落實(shí)了轉(zhuǎn)錄因子跟基因的關(guān)系,繼續(xù)探索轉(zhuǎn)錄因子跟該基因的啟動(dòng)子的結(jié)合位點(diǎn)在哪里? 

    第一步,要確定到啟動(dòng)子在哪?(怎么確定啟動(dòng)子? 一般查閱外文文獻(xiàn),老外把從轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)開(kāi)始上溯 2K-3K 的區(qū)間算做是啟動(dòng)子。) 

    第二步,就是要確定具體的結(jié)合位點(diǎn)序列?(啟動(dòng)子這么長(zhǎng),怎么知道具體的結(jié)合位點(diǎn)序列?)


    如何預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子跟基因啟動(dòng)子結(jié)合位點(diǎn)在哪里?干貨來(lái)了,看這里了(敲黑板?。?/p>


    1、以轉(zhuǎn)錄因子 Nf-KB 和 Ankh 基因?yàn)槔?,?UCSC 在線網(wǎng)站鎖定啟動(dòng)子范圍,在左欄選擇 Table  browes。

    2、在 clade 選擇 Mammal,genome 選擇 Human,assmebly 選擇最新的數(shù)據(jù)庫(kù),gene 中輸入 ANKH,在 track 中選擇 RefSeq Genes,在 output format 中選擇 sequence,點(diǎn)擊 get output,根據(jù)需要選擇序列,選擇 genomic-submit。

    3、選擇 Promoter/Upstream by 2000 bases,選 Exons in upper case, everything else in lower case (外顯子大寫(xiě),其他小寫(xiě))。


    結(jié)果如下:大寫(xiě)字母是基因外顯子區(qū),大寫(xiě)字母前面的 2000 個(gè)小寫(xiě)字母就是預(yù)測(cè)的啟動(dòng)子區(qū),復(fù)制粘貼保存到文本中。

    當(dāng)我們確定啟動(dòng)子以后,接下來(lái)就是要確定具體的結(jié)合位點(diǎn)序列了,好緊張!


    打開(kāi) PROMO 數(shù)據(jù)庫(kù),業(yè)界良心!首頁(yè)就來(lái)送助攻:查找轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)操作步驟。

    1、如助攻提到的,先點(diǎn)擊黃色左欄 SelectSpecies,選擇物種, 點(diǎn)擊 Submit。

    2、再點(diǎn)擊黃色左欄 SelectFactors,選擇轉(zhuǎn)錄因子, 點(diǎn)擊 Submit。

    3、接著點(diǎn)擊 SearchSites,將之前鎖定的啟動(dòng)子區(qū)序列粘貼到特定位置,點(diǎn)擊 Submit。

    4、目標(biāo)出現(xiàn)!結(jié)果中的一個(gè)位點(diǎn) TGGGAAATACCT 就是預(yù)測(cè)到的 nf-kb 結(jié)合在 Ankh 啟動(dòng)子的最佳位點(diǎn)。


    同一個(gè)基因的啟動(dòng)子都是可長(zhǎng)可短的,只是不同長(zhǎng)度可能啟動(dòng)子的活性不一樣。真核生物一般都是認(rèn)為在第一外顯子上游的 2kb 以內(nèi)(也有 2kb 以外的)。轉(zhuǎn)錄因子不同的預(yù)測(cè)方法(除了 PROMO,還可用 Jaspar 、TFSEARCH、TRANSFAC 等數(shù)據(jù)庫(kù))結(jié)果都不一樣,最終只有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的才準(zhǔn)確。



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