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    DNA序列比對(duì)——Blast,序列比對(duì)界中的先鋒!

    發(fā)布時(shí)間: 2021-08-23  點(diǎn)擊次數(shù): 6565次

    NCBI 中的 Blast 被譽(yù)為序列比對(duì)界中的先鋒,并非浪得虛名的,它多才多藝(功能多樣),博學(xué)多識(shí)(比對(duì)面面俱到),還廣交天下名人雅士(可獲得各大數(shù)據(jù)庫(kù)的信息)。 今天,小編讓大家見識(shí)一下老大的風(fēng)采。

    首先,登陸 blast 主頁(yè)blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 

    Blast導(dǎo)航主頁(yè)面主體包括三部分 BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST和Specialized BLAST。 

    BLAST Assembled Genomes:就是讓你選擇你要對(duì)比的物種,點(diǎn)擊物種之后即可進(jìn)入對(duì)比頁(yè)面。

    Basic BLAST 包含 5 個(gè)常用的 Blast: 

    1.BLASTP 是蛋白序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢。 

    2.BLASTX 是核酸序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢。 

    3.BLASTN 是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。

    4.TBLASTN 是蛋白序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。與 BLASTX 相反,它是將庫(kù)中的核酸序列翻譯成蛋白序列,再同所查序列作蛋白與蛋白的比對(duì)。 

    5.TBLASTX 是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。此種查詢將庫(kù)中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白(每條核酸序列會(huì)產(chǎn)生6 條可能的蛋白序列)。 

    Specialized BLAST:是一些特殊目的的 Blast,如 Primer-BLAST、IgBLAST。


    DNA序列比對(duì)——Blast,序列比對(duì)界中的先鋒!

    假設(shè)以下為一未知蛋白序列,我們通過 blast 搜索來獲取一些這個(gè)序列的信息。 

    點(diǎn)擊選擇“BLASTP",粘貼序列到規(guī)定地方。


    DNA序列比對(duì)——Blast,序列比對(duì)界中的先鋒!

    點(diǎn)擊“Algorithm paramerters"設(shè)置詳細(xì)參數(shù):


    DNA序列比對(duì)——Blast,序列比對(duì)界中的先鋒!

    點(diǎn)擊運(yùn)行后,結(jié)果如下圖,請(qǐng)注意數(shù)據(jù)庫(kù)的名字和說明,如果不合適,請(qǐng)迷途知返哦~


    DNA序列比對(duì)——Blast,序列比對(duì)界中的先鋒!

    Blast 的結(jié)果顯示圖:顏色比例尺,可以簡(jiǎn)單的理解為紅色的線表示有較好的比對(duì)結(jié)果。


    DNA序列比對(duì)——Blast,序列比對(duì)界中的先鋒!

    Blast 結(jié)果的描述區(qū)域, Max Score:匹配片段越長(zhǎng)、 相似性越高則 Score 值越大。 

    E value 是得到上述 Score 值的概率的大小。E 值越小表示隨機(jī)情況下得到該 Score 值的可能性越低。


    DNA序列比對(duì)——Blast,序列比對(duì)界中的先鋒!

    Blast 比對(duì)結(jié)果的詳細(xì)版:Expect(E 值)、Identities(一致性)、Gaps(缺失或插入)三項(xiàng)是評(píng)價(jià)blast 結(jié)果的標(biāo)準(zhǔn)。E 值接近零或者為零時(shí),具體上就是*匹配了。一致性:匹配上的堿基 數(shù)占總序列長(zhǎng)的百分?jǐn)?shù)。


    DNA序列比對(duì)——Blast,序列比對(duì)界中的先鋒!

    有料,但不難理解 

    有用,但不難操作 

    這就是 blast 的魅力所在

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